En una carta, Salvini le dijo al primer ministro Giuseppe Conte que podía autorizar a los "presuntos" menores a abandonar el barco Open Arms, a pesar de ser "divergente para mi orientación".
Sin embargo, los 105 adultos restantes y dos niños acompañados deben permanecer a bordo en lo que la organización benéfica Proactiva Open Arms dijo que eran condiciones "insostenibles".
"El visto bueno para el desembarco de estas personas es responsabilidad exclusiva del primer ministro", escribió Salvini en respuesta a una solicitud humanitaria de Conte. El ministro del Interior tiene la última palabra en asuntos fronterizos.
La organización benéfica dijo que necesitaría tiempo para dar la noticia a los migrantes de que la mayoría de ellos deben permanecer a bordo. Algunos fueron rescatados hace más de dos semanas.
"Serán evacuados por la guardia costera de Lampedusa", tuiteó.
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Este es el enésimo enfrentamiento entre un barco de caridad que rescata a migrantes que realizan el peligroso viaje a través del Mediterráneo y Salvini, pero esta vez en el contexto de una crisis política en Roma.
Salvini, quien también es viceprimer ministro, ha ganado popularidad a través de sus políticas de línea dura contra migrantes y solicitantes de asilo.
Estuvo de acuerdo el año pasado con el socio de la coalición Luigi Di Maio del Movimiento de las Cinco Estrellas (M5S) para que Conte sea primer ministro.
Pero la relación de los hombres se ha desmoronado desde que Salvini, líder de la Liga anti-migrantes, la semana pasada retiró a su partido de la coalición gobernante con la esperanza de derrocar al gobierno de 14 meses.
Crisis política
El enfrentamiento de los migrantes ha tomado el c entro del escenario en la crisis política, a la espera de un posible voto de no confianza del Senado en Conte el martes.
El barco ha sido anclado a poca distancia de la isla sureña de Lampedusa con 134 inmigrantes a bordo desde el jueves.
Un fiscal de Sicilia envió el sábado a la policía judicial al cuartel general de la guardia costera en Roma como parte de una investigación sobre presuntos secuestros y abusos de cargos porque Open Arms no ha podido atracar.
La policía tomó registros de las comunicaciones entre el ministerio del interior y los servicios de rescate con el fin de verificar la cadena de mando de quién está evitando que el barco atraque, dijo el diario republicano de izquierda.
Puerto seguro
Italia ha evacuado a un puñado de personas de Open Arms para recibir tratamiento médico, pero Salvini se niega a permitir que el barco atraque a pesar de que otros países europeos hayan aceptado acoger a las personas a bordo.
El capitán del barco, Marc Reig, dijo el viernes que los inmigrantes, rescatados después de abandonar Libia, afectados por el caos, estaban "destrozados psicológicamente".
El fundador de la ONG Proactiva Open Arms dijo que la situación a bordo del barco con tantas personas traumatizadas era "insostenible".
"Hay peleas constantes, argumentos a bordo", dijo en Twitter. "La verdad es que la tensión es insostenible".
"A partir de hoy, no podemos ser responsables ni garantizar la seguridad de las personas que tenemos a bordo del Open Arms", dijo en Facebook.
Los migrantes principalmente africanos a bordo de Open Arms han sido sacados de barcos en el Mediterráneo este mes, y las condiciones climáticas alentaron más salidas desde Libia.
Político no humanitario
Salvini tuiteó que si el barco hubiera ido a España en lugar de Italia hace 16 días "ya habría estado en casa". Proactiva Open Arms tiene su sede en España.
"La batalla de las ONG es política y ciertamente no humanitaria, desarrollada utilizando la vida de los migrantes", dijo.
Conte dijo el jueves que Francia, Alemania, Rumania, Portugal, España y Luxemburgo habían acordado acoger a los migrantes.
Pero fuentes del Ministerio del Interior dijeron el viernes que "ningún país europeo ha tomado medidas formales para llevar a los inmigrantes a bordo".
A principios de este mes, Salvini firmó un decreto que prohíbe el Open Arms de las aguas italianas, diciendo que era para proteger el orden público. Pero Proactiva apeló a la corte administrativa que suspendió su decreto el miércoles.
Salvini luego firmó una nueva orden que bloquea el barco, pero en una demostración de su poder disminuido, la ministra de Defensa de Italia, Elisabetta Trenta, lo bloqueó como un acto de "conciencia".
Salvini dijo en su carta a Conte que esperaba una decisión el lunes sobre su apelación contra el fallo del tribunal administrativo.
Otro barco de rescate, el Ocean Viking, operado por SOS Mediterranee y Médicos sin Fronteras (MSF), también está buscando un puerto para atracar con más de 350 migrantes a bordo.