Una fuente del gobierno dijo que el Primer Ministro habló con la Reina desde la Asamblea General de la ONU en Nueva York, pero se negó a decir si se disculpó con ella. Johnson también tuvo una llamada telefónica de 30 minutos con su gabinete para actualizarlos.
Se produce después de que la Corte Suprema dictaminó que el consejo de Johnson al monarca de prorrogar el Parlamento fue ilegal en un gran golpe a su estrategia Brexit.
Al anunciar el resultado, la presidenta de la corte, Lady Hale, dijo que el consejo del Gobierno a la Reina de prorrogar el Parlamento era ilegal porque "tenía el efecto de frustrar o impedir la capacidad del Parlamento para llevar a cabo sus funciones constitucionales sin una justificación razonable".
Dijo que la suspensión prolongada de la democracia parlamentaria tuvo lugar en "circunstancias bastante excepcionales" de la inminente salida del Reino Unido de la UE el 31 de octubre.
Agregó: "El Parlamento, y en particular la Cámara de los Comunes como representantes electos del pueblo, tiene derecho a una voz sobre cómo se produce ese cambio.
"El efecto sobre los fundamentos de nuestra democracia fue extremo".
Tras el resultado, el presidente de los Comunes, John Bercow, anunció que los parlamentarios regresarían a Westminster el miércoles con la Cámara de Representantes a las 11.30 de la mañana.
El devastador fallo provocó demandas de renuncia del Primer Ministro.
El líder sindical Jeremy Corbyn dijo que había mostrado el "desprecio por la democracia" de Johnson y su "abuso de poder".
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Él dijo: "Tengo el máximo respeto por nuestro poder judicial, no creo que esta sea la decisión correcta, creo que la prórroga se ha utilizado durante siglos sin este tipo de desafío.
"Creo que lo más importante es que sigamos y entreguemos Brexit el 31 de octubre, y claramente los demandantes en este caso están decididos a frustrar eso y detenerlo".
"Creo que sería muy desafortunado que el Parlamento hiciera más difícil ese objetivo que la gente quiere pero que seguiremos adelante".
El fallo de la Corte Suprema surgió de desafíos legales separados en Inglaterra y Escocia, en los cuales los principales jueces llegaron a diferentes conclusiones.
El Tribunal Superior de Londres consideró que la prórroga era "puramente política" y que no era asunto de los tribunales.
Pero el Tribunal de Sesión en Edimburgo dictaminó que era ilegal porque era "con el propósito inapropiado de obstaculizar el Parlamento".
El Fiscal General Geoffrey Cox le había informado al Primer Ministro que la suspensión sería legal.
Un portavoz de la Fiscalía General de la Nación dijo: "Estamos decepcionados de que al final la Corte Suprema adoptó una opinión diferente. Respetamos la sentencia de la Corte Suprema".
El primer ministro contó con el apoyo del presidente de los Estados Unidos, Donald Trump, quien dijo que Johnson "no irá a ninguna parte" cuando se reunieron en las Naciones Unidas.