Andrew Neil criticó a la corporación por un video publicado en el feed CBBC de Twitter. El clip de dos minutos fue del espectáculo infantil satírico Historias horribles.
Fue presentado por el comediante Nish Kumar, quien presentó el video con una referencia a la partida de Gran Bretaña a la UE.
El video muestra a la reina Victoria sorprendida al descubrir productos que le gustan, como el té y el azúcar, que en realidad no se producen en Gran Bretaña.
El Sr. Neil comentó: “Esta es una tontería anti-británica de alto orden.
"¿Se utilizó alguna tarifa de licencia para producir algo puramente diseñado para degradarnos?"
Los críticos señalaron que es poco probable que la reina Victoria hubiera pensado que el té o el azúcar provenían del Reino Unido.
El azúcar se cultivó en el Caribe, mientras que el té se originó en China, pero luego se produjo en masa en la India.
El video clip ha sido visto alrededor de un millón de veces, en parte debido a la controversia que atrajo.
En la introducción, el Sr. Kumar comenta: "Gran Bretaña está atacando por sí sola y abandona Europa".
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En respuesta al video, Martin tuiteó: "¿La BBC tiene la misión de cerrarse?"
Sin embargo, otros usuarios de redes sociales salieron en defensa de la BBC.
El escritor Ian Fraser respondió al Sr. Neil comentando: “¿Hay algo realmente incorrecto en esto?
"Además, ¿no es saludable que, ocasionalmente, los escolares británicos sean conscientes de que no todo sobre el pasado de Gran Bretaña es glorioso?"
Neil presenta The Andrew Neil Show en BBC Two y también es presentador en Politics Live.
Gran Bretaña abandonó oficialmente la UE a las 11 p.m.del viernes.
Miles se reunieron en la Plaza del Parlamento para celebrar la partida.
Celebraron el Brexit agitando banderas de union jack y cantando canciones patrióticas.
Boris Johnson lanzó un video para marcar la ocasión.
Comentó: "Lo más importante que decir esta noche es que este no es un fin sino un comienzo".