Verstappen marcó el ritmo de referencia desde el principio con neumáticos medios antes de mejorar su cambio a neumáticos blandos y pasar a Leclerc por 0,347 segundos en una sesión difícil para los Ferrari.
En Williams, la apendicitis obligó a Albon a quedarse al margen y al ex campeón de Fórmula E de Vries en su lugar por el resto del GP de Italia.
Conduciendo para Aston Martin en la FP1 en lugar de Sebastian Vettel, De Vries abandonó el circuito de Monza con 36 minutos restantes en la sesión de una hora antes de su debut en la carrera el domingo para llegar directamente al puesto 18 con neumáticos medianos.
Un comienzo lento de la última sesión de entrenamientos del fin de semana de Monza significó que solo seis pilotos registraron tiempos de vuelta después de los primeros 10 minutos.
Sergio Pérez de Red Bull estableció el punto de referencia inicial con un tiempo de 1:23.448 en goma media.
Luego mejoró a 1m22.611s y 1m22.148s, con Valtteri Bottas de Alfa Romeo a unos dos segundos del segundo lugar después de una primera carrera sobre goma blanda.
El compañero de equipo de Pérez en Red Bull, Verstappen, tuvo que abandonar su primera vuelta rápida con neumáticos medianos poco más de 10 minutos después de iniciada la sesión cuando se encontró con un tráfico lento en la forma del piloto de Mercedes, George Russell.
Varios conductores se encontraron con tráfico lento en sus vueltas rápidas, y Bottas estuvo a punto de rebasar el Ferrari de un conductor de turismo en la curva 1 de Carlos Sainz.
Bottas se vio obligado a correr a través de la primera chicane después de pinchar sus neumáticos blandos mientras intentaba evitar a Pérez, con los comisarios investigando el incidente antes de decidir llamar al español para la FP3.
La sesión de Sainz se enfrentó a una complicación adicional cuando poco después se le dijo que se detuviera por un presunto problema en el sistema de combustible, a pesar de que pudo volver a la pista cuando faltaba aproximadamente media hora para el final.
Después de que Russell obstaculizara su primera vuelta de ataque, Verstappen se disparó a la cima de la orden con un tiempo de 1:21.872 con neumáticos medianos en poco menos de 20 minutos de sesión mientras los Ferrari de Leclerc subían al segundo lugar con el mismo compuesto.
La posición de Verstappen se mantuvo intacta cuando Sainz subió al segundo lugar con goma blanda con 15 minutos para el final antes de que el piloto de Red Bull registrara un tiempo de 1:21.252 en su simulación de clasificación con el neumático de pared roja.
Esta sería la mejor vuelta del fin de semana antes de la calificación hasta el momento, con Leclerc terminando segundo por delante de Pérez.
Leclerc corría con neumáticos blandos en su primera vuelta rápida hacia el final de la FP3 y aprovechó al máximo el compuesto para su segundo intento.
Sainz terminó la sesión cuarto por delante del Alpine de Fernando Alonso y Lando Norris de McLaren.
Russell fue el más rápido de los pilotos de Mercedes en el séptimo lugar, por delante de Yuki Tsunoda en AlphaTauri y Esteban Ocon de Alpine, quien se une a la lista de nueve que enfrentan sanciones por la carrera del domingo.
Lewis Hamilton completó el top 10 en la hermana Mercedes por delante de Zhou Guanyu de Alfa Romeo, Pierre Gasly (AlphaTauri) y el dúo de Williams Nicholas Latifi y de Vries.
De Vries mejoró a 1m22.869s pero sufrió un momento fuera de la pista al salir del primer Lesmo con alrededor de media hora para el final de la sesión.
Daniel Ricciardo de McLaren lideró a Bottas, Sebastian Vettel de Aston Martin, el dúo de Haas de Kevin Magnussen y Mick Schumacher, quien permaneció en su garaje hasta los últimos 10 minutos con un problema de embrague, y Lance Stroll en el segundo Aston.