Aunque todo esto suena muy bien, la agricultura vertical no es un sistema perfecto. Bloomberg Señala que la agricultura vertical puede usar hasta un 90% menos de agua en comparación con los métodos tradicionales y también reduce las emisiones creadas al arar los campos, desyerbar, cosechar y transportar cultivos. Por otro lado, utiliza mucha más energía que los métodos tradicionales.
En las granjas verticales, las luces deben estar encendidas de 12 a 16 horas al día. En invierno, las empresas también deben mantener la calefacción encendida. Esto significa que este tipo de agricultura puede ser mucho mas caro
La agricultura vertical tampoco es adecuada para alimentar a todo el mundo. Se necesitan cambios estructurales para preparar la agricultura para satisfacer la demanda de alimentos de una población en crecimiento, así como la creciente amenaza del cambio climático para la producción. Los investigadores han propuesto una serie de arreglos desde el campo hasta el plato de comida para apuntalar nuestro sistema alimentario. Entre ellos están reducir el uso de fertilizantes, reducir el desperdicio de alimentos, y aumentando el papel de las verduras en nuestras dietas.
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