Ahora, algunos están adoptando un nuevo paradigma: mida todo, haga preguntas más tarde. Este lema impulsa un laboratorio en Harvard y el Instituto Broad del ., donde los investigadores han desarrollado un método para generar un tesoro de información sobre el funcionamiento interno de una célula que pueden filtrar en los años venideros. El método, conocido como Cell Painting, impresionó a los científicos de varias compañías farmacéuticas, tanto que lanzaron un consorcio y agruparon recursos, utilizando el enfoque para crear un conjunto de datos masivo que comenzaron a lanzar al público en noviembre. El JUMP–Consorcio de pintura celular
Cell Painting utiliza hasta seis tintes fluorescentes para iluminar los principales componentes de la célula, como el núcleo y las mitocondrias. Un microscopio toma imágenes de las diversas manchas y el software mide las características morfológicas como el tamaño, la forma, la intensidad y la textura, creando un perfil de la muestra basado en imágenes. Es “casi el ensayo de imágenes más simple que puede manejar”, dice la bióloga computacional Anne Carpenter, quien desarrolló el método y codirige el laboratorio del Instituto Broad con Shantanu Singh. “Nuestra misión era elegir los tintes absolutamente más baratos y fáciles”.
Más allá de la facilidad de uso, el poder de Cell Painting radica en el gran volumen de datos que proviene de un experimento. La base de datos recién publicada contiene imágenes de células que responden a más de 140.000 perturbaciones, ya sea un tratamiento farmacológico o alguna otra modificación que aumente o disminuya la actividad de un gen. Usando este conjunto de datos, Carpenter y algunos de sus colegas encontraron una docena de compuestos que parecen afectar las mismas estructuras que están influenciadas por un gen clave involucrado en un cáncer muscular de rápido crecimiento. En lugar de someter cientos de muestras a múltiples rondas de experimentos de laboratorio húmedo, los investigadores de Broad elaboraron la lista de medicamentos hace varios años escribiendo el nombre del gen en la base de datos.
“Es un enfoque totalmente diferente que tiene muchos menos pasos y es mucho menos costoso”, dice TS Karin Eisinger, bióloga de la Universidad de Pensilvania que estudia ese cáncer de músculo en particular. Su equipo trabajó con Carpenter’s para validar los compuestos en pruebas de laboratorio húmedo, y los dos científicos están lanzando una empresa para desarrollar aún más los candidatos más prometedores. Otros están un poco más avanzados: Recursion Pharmaceuticals, una empresa de Salt Lake City de la que Carpenter es asesor, ya ha lanzado cinco ensayos clínicos para probar fármacos candidatos identificados mediante una versión de Cell Painting.
A medida que concluye su lanzamiento público, los miembros del consorcio se están preparando para trabajar con el Instituto de Ciencias Ambientales y de la Salud, con sede en Washington, DC, para ver si pueden combinar los resultados de Cell Painting con otros datos para predecir la toxicidad de los productos farmacéuticos y agroquímicos. .
Esther Casa de Campo es un periodista de ciencia y salud con base en el Área de la Bahía de San Francisco.